yamyam様
ご返事遅れましたが、回答ありがとうございます。

季節作業が入って１ヶ月ほどblenderを触っていませんが、

引用：
ご助言大変ありがとうございました。一から図形を書くのと違うことをしているので、
苦手な英語の情報も拾いにくく困っていました。心強いです。

まだ試していませんが、使っている3DCADの性質から想像するに、
CAD上でくっつけた2平面は、stlファイルで継ぎ目なしの1平面として扱われる可能性が高く、
細いパイプと大きな槽の繋ぎ目や、エッジのある空気吹き出し口などでは、
メッシュがひどく乱れる可能性が高いと思ったまでです。

今の季節労働が終わったらもう少し先に進んで見ます。