hiro35 さん、おはようございます。

"Gerris Flow Solver"、他商用の流体解析ソフトと見比べたんですが、Blenderのそれは「流れる様子を疑似的に」というもので、例えば
・流体の中でどのような流れをしているかを表示できない
・t=0位置の粒子がt=100のときにどこにいるかを表示できない
・流れをたとえば矢印などで表示できない
・解析(?)結果は映像でのみ確認可能
という制約がBlenderにはあると思います(専門家じゃないんで詳しくはわかりません)。

今回質問されているケースですと、blenderでは
「四角にくり抜いた杭の穴が水面にあるとき」
には杭に向かった流体がどう流れるかは視覚的にわかりそうですが、
「四角にくり抜いた杭の穴がどっぷり水中に浸かっているとき」
に流体がどう流れるかを見ることは出来ないような気がします。

そのあたりも含めてご検討を