noob to proの記事は見てないのですが、
>１：サイの穴の形状がチュートリアルのように丸くならず
くぼみの周りの四点をShift+Eでクリース値を上げてあげると手軽に丸く処理できますが、いかがでしょうか。

>2：ＳizeＸ,ＳizeＹ,ＳizeＺ?は1です。
Editモードで大きさを変えてもObjectモードではサイズは1（そのオブジェクトについての等倍）となります（ローカル情報とグローバル情報の差）。
Transform Propertiesを表示しながら、Editモードでリサイズしたり、Objectモードでリサイズしたりしてみると感覚で判るかと。

>levelの数値を2から3に上げると、動作が鈍くなります。
マシンの性能次第ですが、Subsurf（サブディバイド・サーフェイス）は分割数を増やすと係数的に処理が増えますからね……。
うちのMac mini(PPC 1.42GHz-mem1GByte)でもちょっとストレス感じます。丁度製作中の映像が重過ぎなために買い替え検討中で（以下関係ないので省略）
レンダリングレベルを適切な値にして、作業時(通常のレベル)は仕上がりが想像できるぎりぎりまで落として作業するのが望ましいかと。

参考になれば幸いです。