おはようございます。いい質問ですね。
私もArmatureで変形したまま編集できればいいな、と思っているのですが、残念ながらそういった機能はありません。

これは技術的には、移動後のVertexの位置から、Boneなどの影響を受けていない元の状態の位置（現在のEditModeで表示される位置）を算出するには、そのVertexが受けているすべての影響を逆から元に戻していく過程が必要で、非常に面倒なのです(不可能ではないはず)。

更にVertexへの影響がBone一本だけならいいのですが、間接などでは複数のBoneが絡み、親があればそれもさかのぼる必要があります…。

そういう訳で誰も手をつけていない状態なのですが、将来的には解決するかもしれません。現在は試行錯誤を繰り返すしかなさそうです。
なにかいい方法がありましたら私も教えて欲しいです。