yamyamさん、またまた早速のご教示ありがとうございます。
すんなりとデータを消すことができました。
大元のDetaBlockを消さないといけないことがわかりました。

ちなみに、このことに気づいたきっかけが、マテリアルのLibraryを作ろうとして、Thumbnailerでレンダリングした後、あるはずのないマテリアルが存在していて、そのファイルを開いてOops　Windowでマテリアルデータが残存していっることに気づいた次第です。

それにしても30分でご教示いただけるなんて、大変感謝いたしております。
今後とも宜しくお願い致します。

こんにちは。
ざっとみてみたところ、Glass.001において、NodeEditor 上で他のMatNode〜をリンクしているため、Glass.001も含め、これらは Object や Mesh 間のリンクが消えても1だけリンクが残ってしまうのです。

解決方法としては、Glass.001を何かの Object にリンクし、NodeEditor 上ですべてのノードを削除([A]→[X]もしくは[Del])すれば、Glass.001を除くすべての Material のリンク数が0になりますので一旦保存し、残ったGlass.001をリンクから外して同様に保存してしまえばすべて消えるでしょう。

Nodoで作成されたマテリアル（リリースノートからDLしたサンプルblurred_glass.blend　くもりガラス）をAppendしてみたのですが、このマテリアルデータを消すことができなくなってしまいました。

Oops Windowで確認すると、ObjectにLinkされていないので、ファイルを一度SaveしてからReopenすればLinkされていないデータは消えるはずなのですが、データが残ってしまいます。

添付ファイルでは、
Silverというマテリアル以外はNodeで作成されたものをAppendしたものです。
Matnode、Matnode001〜006、Glass.001というマテリアルのうちのひと
つをObject（球体）にLinkして”Links and Pipeline"タブを確認す
ると”Datablock Name”の右横の数字（Number of userｓ)が２とな
っています。
この数字欄を押したり、その横の×印を押してみたのですが、データがコピーされたり、Linkがなくなるだけでデータ自体は消えてくれませんん。

試しに、blurred_glass.blendファイルですべてのObjectを消去してみ
ましたが、マテリアルデータは残ってしまうようです。

追加です。
Blender２．４１で試したところ、添付ファイルをOpenして確認すると、LinkされていないマテリアルがOpps Windowに表示されていましたが、一度Saveして、ReopenするとLinkされていないデータは消えていました。


また、オオボケなことをしているかもしれませんが、添付ファイルの御検証、ご教示お願いいたします。
使用環境
Blender2.42a
Windows XP,Pentium4,512MB Menory,Gpaphic-ON Boad

:download:node_test.zip