こんにちは。
元の3dsファイルでのキャラクタは体、顔、髪の毛などのいくつかのオブジェクトからなっています。
しかし「blender 2.48a」へインポートするとオブジェクトたちがばらばらになってしまって、体、顔などがずっと離れて表示されます。
インポートする時の注意点などを教えてくれたら幸いです。

動作環境は
Windows XP,
Intel(R) Core(TM)2 Duo CPU
E7400 @2.80GHz
2.79GHz, 2.00 GB of Ram

自分もなったことがあります。MAXから3dsファイルで書き出して読み込みと言う事でいんですよね？
あまり検証してないのであれなんですがMAX上での基点の情報とかが影響してるんだと思います。
まず基点の方向を確認し、（ローカルのときの方向）ワールド方向に修正します。書き出すとき必要なモディファイアなどは適用し、必要があれがば編集可能ポリゴンなどにもう一度変換したりした方が良いかもしれません。
自分がやってみた結果としては、3dsではなくObjでやりとりした方がエラーは起きにくかったのでそちらをおすすめします。上のようなことをしなくても大抵行けます。なので上はばっさりと書いています。

MAXは学校でしかさわらないので他に詳しい方がいましたらお願いします。