添付されたファイルを拝見しましたが、原因は不明ですがなんだかおかしなファイルですね。
疑問点が一つ・・・Sceneのユーザー数が2になってます。
しかし、他にSceneがない・・・・。
作る時に何か変な作り方をしませんでしたか?

取り敢えずの解決方法を書きます。
このblendファイルをロードする際にLoad UIオプションを外してロードしてください。
そして、ロードしたそれを別のファイルとしてセーブしてください。
これで、別名でセーブしたファイルを開く際にはLoad UIオプションが付いていても問題なく開けるはずです。

但し、Sceneのユーザー数がおかしいのでこれを使い続ける事はあまりお勧め出来ません。

追記
もし、これを作り直すのであれば新規ファイルを開いてAppendを実行後、該当ファイルのObjectからFace、Eyeを選択してAppendすればArmatureは自動的に引っ付いてくるので問題ないかと・・。