muraさん、こんにちは。
引用：これってParent設定された子のオブジェクトが非表示レイヤーにある時に親オブジェクトを回転させて、子オブジェクトのあるレイヤーを表示しても子オブジェクトが親オブジェクトの回転に追随していないとかいう話でしょうか?
もし、そうであれば以前の版でもそうだと思いますよ・・・。
最新版でenable-new-depsgraphオプション付きで起動すれば依存関係をより詳しく計算するようになるので追随しますが・・・。
でも、enable-new-depsgraphオプションも全ての依存関係を解消出来ていない部分もたぶんまだ残っていると思います。

追記
上記記述の以前の版について補足。
2.49b版では一部の依存関係の解消がされていた部分もありましたが、それがメジャーバージョンアップに伴って依存関係の解消手法が簡略化??されて、されなくなっていたようです。
で、新しいenable-new-depsgraphオプションを追加する事で依存関係の解消がよく詳しくされるようになったという感じでしょうか。

New Dependency Graph