keiteeさん。
たびたびのお返事ありがとうございます。
御指摘をいただいて、１つ気が付いたことがあります。

「1つでも頂点が分離してしまうと?の状態になるのでしょう。そのようになる操作がわかれば回避できそうですが…」
この一文を読んで改めてオブジェクトを見直してみると、穴のできる場所が、オブジェクトのX軸の値が0の付近だけに限られていて、
また、その付近にうっすらと継ぎ目が見られます。
これらの事から考えると、最初からきちんと閉じられたオブジェクトになってなかったのではないかと思われます。
そのため、スカルプトをしていく過程で穴が空いてしまったのだと考えられます。

このモデルは練習用なので、また１から作り直してみようと思います。
いろいろと助言いただき、ありがとうございます！　m(_ _)m