とりあえずメッシュの面の表裏の向きって全部一緒でしょうか？なってなければ全選択＞メッシュ＞ノーマル＞リカリキュレート・アウトサイドでだめなら頂点カラーの異常な設定とか法線…法線てBlenderはいじれましたっけ？知らないのですが(^^;)

私もあまり知らないのですが、頂点カラーなんかでも名前のつけようによって壊れたりすることもあるようなので、必要な部分はいろいろ何度も試した方がいいですよ。

不慣れなうちは、今も昔も（単純なモデルでの話ですが）頂点で全選択してリムーブ・ダブルス（重複点削除）とリカリキュレート・アウトサイド（面の表つまり法線をすべて外向け）の二つが操作ミス回避の基本だと思います。