ありがとうございます、見つかりました。
この部分は、デスクトップに保存しているときと外付けHDに（blenderfile内です）保存しているときとで、なぜか同じ内容でした。

Directories:
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scripts: ['/Applications/blender-2/blender.app/Contents/MacOS/2.55/scripts']
user scripts: None
datafiles: /Users/(ユーザ名)/Library/Application Support/Blender/2.55/datafiles
config: /Users/(ユーザ名)/Library/Application Support/Blender/2.55/config
scripts : /Applications/blender-2/blender.app/Contents/MacOS/2.55/scripts
autosave: /Users/(ユーザ名)/Library/Application Support/Blender/2.55/autosave
tempdir: /tmp/