私はwindowsユーザーなので確認する事ができませんが
windowsではファイルを保存する際に特定のフォルダに限定されると言う事はないのです。
Macとはいろいろと違いがあるのですね。
データファイルをダブルクリックして起動する際にはBlender.exeに対して引数としてデータファイルのパスが引き渡されています。
この処理に対してもMacについては別の処理がソースでは施されていました。
対策としては正常に処理されているFile Openから読み込むということで対応するしかないのかも知れません。
とりあえずBug Trackerを調べて該当するものがないのか粗方調べて見つからなければBug Trackerで報告する。
または先日最新RevのBlenderを取得されていると思いますが、その後もRevは変わっていますので現時点での最新Revを取得して試して見る。
と言ったところでしょうか。
ちなみに現在の最新Revは32747です。(刻一刻と変わっていますが・・・)

Bug Trackerへの報告は
HelpメニューのReport a BugをクリックするとBug Trackerに繋がるはずなので
そこでSubmit Newを選択してタイトルと内容を記載すればできます。
(但し、英語です・・・無料の翻訳サイトなどで翻訳すれば大丈夫です)
報告する際にも、詳細な情報を記載しないといけません。