OSをSnow Leopardにアップグレードしたところ大幅に状況が改善したため自己フォローです。

最初の投稿と同じハードウェアへSnow Leopardをインストールし同様の評価方法でテストしたところ
OpenGL profilerでの最適化やクロックアップ無しで

　360ops/s

という2.5倍近いスコアになりました。もちろんUIの遅延も無くなりとても快適です。
blenderは2.49bの公式配布版を使用して確認を行いました。

ただ全く問題ないかというと、そうでもなく
まれに、ウインドウを起動時のサイズから最大化や全画面表示に変更した場合に
3Dウィンドウの中身やウィンドウの境界線がマウスを動かすとちらつく事があります。

しかし、このちらつきに関してもこちらの環境では、
　・起動したらウィンドウのサイズは変更しない
　・もしくは、OpenGL profilerでKCGLPFABackingStoreの値に1を指定して起動する
といった対策をすることで回避できています。
またAppleでもこのちらつきに関しては認識しているようで、次のOSアップデータ(10.6.2)に
フリッカ対策のグラフィックドライバの更新が含まれるとの噂もあるようです。

Leopardの時はGMA950を使用したmacでのblenderの動作は問題になりましたが
Snow Leopardでの動作状況はあまり情報がなかったためご報告まで。
同じ問題に悩んでいる方はOSのアップグレードを検討されてはいかがでしょうか？