なんも様、ご回答ありがとうございます。

早速ですが、スクリプトを拝見しました。
実装部分から暫定的に必要そうな部分を抜き出しテキストエディタで実行してみました。


import Blender

winid = Blender.Window.GetScreenInfo(Blender.Window.Types.VIEW3D)[0]['id']

Blender.Window.SetKeyQualifiers(Blender.Window.Qual.CTRL)
Blender.Window.QAdd(winid, Blender.Draw.AKEY,1)
Blender.Window.QHandle(winid)
Blender.Window.QAdd(winid, Blender.Draw.AKEY,0)
Blender.Window.SetKeyQualifiers(0)

３D窓が無い場合などのエラー処理は含めておりませんが、とりあえず
「Ctrl＋A」
のメニューを表示させることができました。
ものによっては上記の実装で解決していたと思います。

しかしながら今回、問題になったのがメニュー（ポップアップ？）の中から1番上のものを選択させる処理です。
安易にONEKEYやエンターを押させれば良いだろうと思っていたのですが、どうもメニュー選択処理を実行しないとスクリプトが先に進んでくれないようで手の打ちようがありません。（メニューWhileで回していてスレッドを完全に止めているような挙動をしています）

是非、先人方の知恵をお貸しください。よろしくお願いします。