こんばんは。
恐らくモディファイアのサポートは全然進んでいないと思います。昨年から更新もされていないようですし。作者さんのサイトのフォーラムを見てもあまり動いていない感じです。
仕方ないのでバラバラにして、自分でアニメーションをつけるしかないですね。

バラバラにするには、一旦 Array モディファイアを Apply し、その後 EditMode で[P]キー→All Loose Parts を選択すれば全部バラバラになります。Center の位置が気に入らない場合は、ObjectMode ですべて選択後、EditButtons([F9])のCenter Newボタンを押して下さい。

ただ、後で述べるようにいったんアニメーションを一つのパーツにつけてそれをコピーした方がいいと思います。

アニメーションはそれぞれ前のパーツからの差分のアニメーションですので、親に対するアニメーションをつけ、その後Linked Duplicate([Alt]＋[D]で)コピー→それぞれ一つ前のパーツを親とするように Parent した方が速いと思います。あとでIpoを編集しても、すべてに影響しますし、Mesh データも共用していますので修正も楽です。