そこで Group ですよ。あらかじめ Group に Object を追加しておけば、その Group をAppend 時に選択すれば、一気に読み込むことができます。

http://blender.jp/modules/xfsection/article.php?page=1&articleid=140

自分でいうのもなんですが、上記のページは少々分かりづらいので、ちょっと補足を。
- 現在、その Object の属している Group は、ObjectButtons(Object コンテクスト：[F7])の左端の "Object and Links" パネルにあります。

- Object を適当に選択(複数選択化)し、Object メニュー→ Group → Add to Existing Group もしくは Add to New Group を選択します。前者は既存の Group に追加、追加する対象 Group を聞かれます。後者は新しく Group を作成して追加します。

- Object を Group から削除するには、Object → Group → Remove from All Groups を使用するか、ObjectButtons 内の "GR:〜" と表示されているボタンの右隣の×を押して下さい(つまり Material などと同様)。ちなみに前者はその Object が属している Group をすべて解除してしまいます。

- 一つの Object は、複数の Group に属することができます。

- ある Group の物を一気に選択するには、その Group に属する Object を選択し、Select → Grouped → Objects in Same Group を使用して下さい。残念ながら Group を直接指定して選択はできない模様です。また、Outliner には現時点では表示されません。

- Blender に内蔵の Theme、Rounded には、Group 状態での色の変更が定義されていません()。必要なら適宜色を追加してあげて下さい。