BGGG さん、こんばんは。
Duplivertsについては、あくまで「実体のあるオブジェクト」を複製するコマンドでして、「一代限り」という制限があるようです。そういうことで、「複製されたものを実体化する」コマンドを使った、以下のような手順で何とかごまかすというのはどうでしょうか?

1.まず小枝-葉っぱでDuplivertsします。
2.Make Dupliverts real[ALT+SHIFT+A]で葉っぱの複製を実体にします。
3.小枝と(実体化した)葉っぱの複製を(複数)選択してJoin[CTRL+J]で1つのメッシュオブジェクトにします。
4.一塊になった小枝･葉っぱを今度は大枝でDuplivertsします。

反対に<大枝>-<小枝>を先に実体化させる、という手順(?)もありますね。
とりあえず文章のみで