こんにちは。当方で少し試してみたのですが、Blender 上で動かしても、Runtimeでも真っ黒にはなりませんでした。
この辺はOpenGLの実装に違いがある可能性があるためなんともいえません。ちなみに試したのは、Blender2.42a で、ビデオカードは Intel 945G(統合チップセット)です。

Add OverlayScene については、まだ少ししかファイルを拝見していませんが、Properties の変化によって実行させているような部分が見受けられます。これは何度も使用してはいけません。(されてなかったらすみません)

こちらに設定サンプルがあります。モードによって表示を変えたい場合は、再度 Add OverlayScene を実行するのではなく、オーバレイする Scene(この例では Sub) 内のカメラを動かしたり、表示するものを移動したりして変化させて下さい。Scene 間の連携は Message や、Camera 自体を複数の Scene にリンクしてあげるといいと思いますが、後者はちょっと説明するのが長くなりますので割愛させて下さい。

この辺はいつかちゃんとしたチュートリアルみたいなのを書きたいなと思っています…が、いつになることやら…。