frappe さんはじめまして。
引用：CTRL+Jとして、複数あったオブジェクトが1つに結合されますが、もしかして「複製したはずの線が消えてしまう(ように見える)」、という現象ではありませんか?そうだとすると

Add->Surface->... ではなく、Add->Curve->...

としてCurveオブジェクトを追加している可能性があります。前者、Surfaceが面を作ることのできる形状です (私も間違えて追加することがあります)。

名前と見た目が一緒なので間違えやすいですが、TABキーを押してEditモードにした状態でボタンウィンドウのCurve and Surfaceパネルで確認できます。
(ビギナーズバイブルだと Curve:P.125 Surface:P136 )

あと、Rキーによる回転ですが、
1.回転させたいオブジェクト/頂点を選び"R"キーを押す
2.マウスカーソルを移動させると回転する
3.適当に回転させたところで"Ctrl"キーを押すと5度単位でスナップ
4.左クリックまたはEnterで確定(左クリック時にカーソルが動くとスナップ解除されるのでEnterのほうが好ましい)
という感じでしょうか。87.5から92.5の間で適当に回転中にスナップすると90度回転が出来るという寸法です。