特許侵害の内容についてはよく知らないのでその是非についてはコメントできませんが、多かれ少なかれ、フリーウェアにはついてまわる問題だと思います。Mplayerは比較的、長い期間地道に開発が続いているものだったと思うので、Linuxがこのようなツールを失うとしたら痛手でしょう。とくにマルチメディア系のツールはまだまだ少ないですから。QuickTimeでもあれば別でしょうけど。

ちなみにフリーではないOS、SGIのIRIX用のDivXプレイヤーってSGIの開発者ミーティングで一般開発者によるソフトとしてSGIから高い評価を得た途端、サイトからダウンロードできなくなって、どうやらSGIが開発に手を貸して影で続いているらしい、という噂なんですが。こういう企業によるプロテクトがないとこの手のフリーソフトって今後は存続が難しいのかな。

以下独り言:
だからみんなでSGIのIRIXを使えばいいんだ、と書こうとて、IRIX用のMplayerは(以前配布されていた)IRIX用のDivXで再生できない動画も再生できる、より使えるコーデックだった！という事実に気づいてしまった。