ブレンダ―に初心者です。
ブレンダ―でいくつかあるマテリアルで、あるマテリアルを透明にするのが目的です。
生物モデル（wrl file）をAvizo/Amiraのソフトで作成し、
MeshLabでwrl fileをply fileに変換して、ブレンダ―にインポートしました。そして、Material のvertex color paintでオリジナルのカラーを使ってblender renderを行いました。
あるマテリアル（添付のオレンジのマテリアル）を透明化をmaterialのtransparencyでalphaを設定しました。問題は、オレンジのマテリアルに影のようなものができることです。実際は光源はsunlightを使っているので影ではないと思うのですが、このような現象はどうようばれるのか調べてもわからなかったので影と説明しています。見やすくするために、影のような模様がないように３ｄレンダリングをして、２Ｄの画像を作成したいです。
vertex color paintではなく、カラーをblender上で行っても、影のような模様ができます。
アドバイスをお願いします。


blender v.2.72　をwindows 8.1で使用しています。

勝手ながらブラウザ対応の限られているTiff画像を、同等と思われる他のjpg画像にさしかえさせていただきました。問題がありましたらおっしゃってください。
引用：Sun LampもRay ShadowオプションをONにしていれば影はつきます。

それはさておき、向こう側の面との重なりで濃くなっているような部分は見受けられますが、影というのがよくわかりません。具体的にどの部分か教えていただけますでしょうか？

また、Ambient Occlution は使用されていますか？

画像はuploadされてないと思っていたのでさしかえありがとうございます。
ray shadow もambinet occultionのどちらもoffです。
画像でみえるかわかりませんが、オレンジのマテリアルのランダムに濃いカラーの部分と薄いカラー部分があることを、適切な表現がわからないために影と表現しました。

3Dスキャニングされたモデルだと思われますが、青や赤の部分を見るに、形状にノイズや段差があればそうなってしまうのは仕方ないことだと思います。

これを解決するには、例えば Remesh モディファイアーや Laplacian Smooth モディファイアーなどで形状を滑らかにしてしまい、形状の表面を滑らかにしてしまえば、綺麗になるのではないでしょうか。