ありがとうございます。
先程から色々試しているのですが、

bpy.ops.transform.shrink_fatten(value=dZ * sX, mirror=False, proportional='DISABLED', proportional_edit_falloff='SMOOTH', proportional_size=1.0, snap=False, snap_target='CLOSEST', snap_point=(0.0, 0.0, 0.0), snap_align=False, snap_normal=(0.0, 0.0, 0.0), release_confirm=False)

この一文のところで

convertViewVec: called in an invalid context

が出ますね。あと

Warning: 1 x Draw Window and Swap:

は、やはりredrawのところで、

bpy.ops.wm.redraw_timer(type='DRAW_WIN_SWAP', iterations=1)


ここで出ています。まあ動かないわけではないし、調べてもなかなかいい情報に当たらないので、
とりあえず（気持ち悪いですけど）そのままにしておきます。
速度の低下は少し新しいリビジョンのものでやると若干マシな感じがします。

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-- Shige