バイナリは限定されるようですが、2.65でBoneをいじっている方は
Rev.54061以降のビルドを使用された方がいいかもしれません。
Bone Rollに不具合があったのがRev54061で修正されたようです。

以下、修正の内容の原文。

Bugfix [#33974] Bone roll flips 180 degrees when extruding bones vertically

For example, if you're making a chain of bones (e.g. for a spine) by extruding
the tip joint of an initial bone, the bone rolls would be: 0 (for the initial
bone), 180, -180, 180, -180, etc. This has the undesirable effect of causing
B-Bones to twist to match the roll values at the other end of the bone.

The fix here seems to improve the situation in this case: bone roll values don't
flip or change anymore (in fact, the bone axes stay perfectly aligned now, as
they should). It also doesn't seem to cause any problems in other common cases I
checked.

修正コメントのタイトルにあるように、押し出して生成したBoneに関する問題だけのような気がする。
(分割して生成したものに関しては記述がないので無関係のような気がする
但し、例えばで始まっているので・・・書かれていないだけかも・・・)
上記の削除した文面は以下のように訂正します。
但し2.63.0で確認した結果です。
Boneを分割したものではRollは適切に設定されていた。
Extrudeされたものについては、Rollが180度又は-１８０度回っていた。