デイリービルドなどを利用している人や、ユーザーアカウントを日本語名で作成しちゃってる人なんかにお勧めなのがconfigフォルダの作成です。
通常は、システムパスを使用するので、Document and Settingの下に作成されますが
Blenderのインストールされたフォルダの下のバージョン名のフォルダの下にconfigという名前でフォルダを作成しておくと、そこに設定を保存して参照します。
こうすれば、日本語名が原因で起動時にエラーが出ることがなくなります。
また、複数インストールしても設定を別々にすることが出来ます。

Startupファイルも個々に作成されるので、いろいろと変えても大丈夫です。

例：
c:\Blender\2.65\config