元々2.49と2.59は共存して動作していたのでしょうか?
だとしたら、その３週間の間にBlenderに関して手を入れていないのなら別の原因だよね・・
放置していた３週間の間にシステム的に手を入れたところを思い出せばいいのでは・・・

と、突き放すのもあれなので・・・・
2.49と2.59を単品でインストールしてみて動作するのかを確認する。
(インストールしてアンインストールして確認するのは手間でしょうが・・・)
でも最初は動作していたんだよね・・・

最後に、2.49と2.59は元々共存していませんでした・・とか言うのなら・・・
コンフィグレーション関係のフォルダが被っていて起動しない可能性があるよね・・・

各バージョン毎にコンフィグレーション環境を個別に保持しないとだめです。
添付画像は私のところの例ですが・・・
Blenderは起動時のコンフィグレーションフォルダの検索をインストールフォルダから探し始めるので
インストールフォルダ下にコンフィグレーションフォルダをまとめておけば複数バージョンのBlenderを
入れても環境が混じることなく使えるはずです。

(o・。・o)あっ!　ちなみに私はXP環境なので、他のOSは知りません・・・・

以下の記述は遠い記憶なので正確ではないかもしれません・・・
(インストーラーでインストールするとDocuments and Setting下辺りにBlender Foundationみたいな
フォルダを作ってコンフィグレーション関係が作られるのかな?)
バージョンが異なるとコンフィグレーションも別物と思って上書きは禁物です・・・


(o・。・o)あっ!　私はXP環境なので、他のOSは知りません・・・