2.58.1でArmatureの問題はないと思います・・・・
(Windows版ですが、丁度Bone設定とかいじっているので・・・)

Armatureの組み込みで挙動が思ったようにいかない場合の要因で考えられるもの。
(過去に経験した範囲で、プログラムが原因以外のものですが)
・WeightPaintで思ってもいないボーンで部分的にWeightが付いている。
・ArmatureのModifierを削除したり再設定したりした時にModifierが複数登録された状態になっている。
　(オブジェクトのModifierを確認すれば一目瞭然・・)
・ボーンのConstraintsの設定を間違っている。
　Constraintsが複数あると、設定項目をケアレスミスで間違っていたりします。
　こんな場合、効果が重複されたりとか、ぇ━(*´･ω･)━！どこ行ってるのとか・・なったりします。
・Armature Modifierの設定で、EnvelopeとVertex Groupの設定が思っているものと違っている。

大抵はWeightPaintの設定が思った通りになっていない場合が多いと思いますが、WeightPaintをする場合は
Paintするボーンが関係しないMeshを非表示にしておくことが大事だと思います。
非表示にしておいてWeightPaintに入ってMaskボタンを押しておくとEditModeで非表示にしておいたMeshが
WeightPaintで表示されなくなるので、思ってもいないMeshにWeightが描画される失敗がなくなります。

また、AutomaticでArmature設定をすると思ってもいないWeight設定がよくあるのでシステム任せはだめです。
Armature設定をしたら全てのボーンを一度操作して変な風に引っ張られていないかどうかを確認するのがいいです。
自動設定ののWeightPaintの場合、質問にあるように綺麗にまとまった形で引っ張られる事はまずないと思います。
大抵は部分的にほつれのように引っ張られると思いますよ。

Weightが乗っている場合はボーンのDeformのチェックが外れていない限りMeshの挙動に影響すると思うので
ConstraintsかModifierを確認した方がいいのではないでしょうか?

問題のblendファイルがあれば一番わかりやすいですけどね・・・

参考になれば幸いﾃﾞｽ！(●･w･●)ゝ。