チェックしてみたら全然上書きインストールなんてされてなかったでござるの巻

確かに C:\User\ユーザ名〜 にインストールされてますね…。インストール途中にもしっかりパスが記述されていたのですが、普通にProgram Files〜に登録されるものだと思って気づきませんでした。ありがとうございます。
これについては、管理者権限がなくてインストールできない問題に対処するためだと思われます。
ちなみにXPでも、"C:\Documents and Settings\ユーザ名\Blender Foundation\Blender\blender.exe" にインストールされています。

スタートメニューですが、VistaもXPも両方登録されていませんでした。ただ、XPにはデフォルトではデスクトップ上にショートカットアイコンが作成されていました。
実は以前、インストーラはなしにするような話があり、現在もZIP版が推奨されています（ニュースの記事を下の方の囲みをごらんください）。管理者権限以外では問題が発生すると書かれていたので、このことである可能性はあります。

スピードが遅いのはおそらく初回だけだと思います。これはUIの定義に使用されているスクリプトをコンパイルしていること（py→pyc）と、二回目以降は先読みが効くことがあるからだと思われます。ZIP版を試したところ、同様に初回は時間がかかりました。

とりあえずニュースの記事に、インストールパスが変更されたことを記述しておこうと思います。
皆さんありがとうございました。