■OS
Ubuntu 9.10 64bit
■ビデオカード・チップセット
GeForce GT 240
■ドライババージョン（OSと同時配布される環境ではOSのバージョン）
185.18.36
■Blenderのバージョン
2.49b, 2.5 Alpha2
■動作状況（問題なし・一部不具合あり・回避策により動作・動作せず）
問題無し
■問題の回避策

現在Ubuntuのリポジトリから利用可能なプロプライエタリドライバを使用しています。(メニューのシステム->システム管理->ハードウェア・ドライバから設定できる)
若干バージョンが古くNVIDIA X Server Settingの画面ではGeForce GT 230として認識されますが、とくに問題なく使用できています。
nVidiaのサイトにはより新しい195.36.15というものがありますが、公式サイトから入手したドライバはX Windowが動作していない状態でのインストールが要求されるので色々と面倒なので使用していません。(Software Update時にカーネルのアップデートがあった場合など、ドライバの再インストールをせずに普通に再起動してしまうとX Windowが立ち上がらなくなったりします。)

以前ATI Radeon HD 4670を使っていて、いくつか不具合を感じることがありましたが、現在は使用していないため詳細な情報を記載できません。
参考までにそのとき(2009年12月)の状況を書かせていただくと...
Blender2.4Xの場合、Compizなどの3Dデスクトップ機能が有効になっていると、メニュー項目の操作ができなくなります。3Dデスクトップ機能を無効にすることで回避できます。
Blender2.5では、3Dデスクトップが有効でもメニュー操作に問題はありません。

通常の使用ではありませんが、デバッグモードでコンパイルしたものをデバッガから起動して使用する場合、Blenderがかなり頻繁にフリーズするという問題がありました。
BlenderだけでなくOSまで含めてフリーズするので、かなり困りました。
Blender2.4XよりもBlender2.5以降の方がフリーズする確率が高いようでした。
3Dデスクトップを無効にしても回避できませんでしたが、ドライバをプロプライエタリドライバではなくオープンソースドライバにして、完全に3D機能を無効な状態にすると回避できるようでした。