指摘してくださった通り、os.systemではなく、

Blender.Run('.\.blender\scripts\d.py')

というブレンダーのメソッドで呼び出したところ解決しました。

また、質問した内容のエラーとは関係ないのですが、

d.pyの内容は

from Blender import Camera
import Blender
obj = Blender.Object.Get("myCamera")
obj.loc = (-0.009334,-0.011914,0.545170)
obj.rot = (-22.456832,7.071338,-0.029708)
Blender.Redraw()

でうまく動きました。

ありがとうございました。