kawatoshi さんおはようございます。
そしてはじめまして。

blender-2.46-windows.exeを使用してインストールされたものと仮定してお話します。

インストールの途中、ユーザーディレクトリを選択する画面が出てきたと思います(が、大抵何も見ずにOKボタンをクリックしますよね)。
インストーラーは.blenderを作成しますが、インストール時の指定により、ディレクトリが作成されるのは次のいずれかのになるようです("<USERNAME>"は適宜読み替えてください)。
また、Windows 2000/XPとVistaでは作成するディレクトリに違いが出てきます("Use the application data directory"指定(1)時)。

1-a:[Windows 2000/XP,Current User]*
C:/Documents and Settings/<USERNAME>/Application Data/Blender
Foundation/Blender/

1-b:[Windows 2000/XP,All Users]
C:/Documents and Settings/AllUsers/Application Data/Blender
Foundation/Blender/

1-c:[Windows Vista,Current User]*
C:/Users/<USERNAME>/AppData/Roaming/Blender Foundation/Blender

1-d:[Windows Vista,All Users]
C:/ProgramData/Blender Foundation/Blender

2:[Install Directory]
C:\Program Files\Blender Foundation\Blender

3:[HOME]
(環境変数HOMEを設定したディレクトリ)

ご存じかもしれませんが、Blenderではユーザー名に日本語を使用しているとそのディレクトリにアクセスできなくなってしまう可能性もあります(1のケース)。他、大抵はOKボタン連打(1-a or 1-c)で問題はないと思うのですが…

参考:blendernewbies
http://blendernewbies.blogspot.com/2008/05/setting-location-for-blenders-user-data.html