正直どうしようかと思いましたが、一応書いておきます。

現在、Blender ファイルにはスクリプトを自動実行させる方法がいくつか存在しています。それを防ぐには、

1) .blend ファイル関連付けを(されていれば)解除
2) ファイル読み込みは Blender 本体から行う
3) デフォルト設定(UserDefault、.B.blend で保存されるファイル)を、ScriptLinks (パックマンアイコンの隣のタブ)の、[Enable ScriptLinks] のボタンを OFF にして保存しておく([Ctrl]+[U])。
もしくは、blender 実行用のショートカットやランチャーの設定で、スクリプトを自動実行させないコマンドラインオプション(-y)を指定する。

以上は、他人の Blend ファイルを一切開かず、自分や会社のファイルのみを開くことがわかっているならしなくても構いません。もしくは、Game Engine(gameBlender)のないバイナリを使用してもいいでしょう(ただしこの場合でも、3)は必須です)。

もし他人の Blend ファイルを開く可能性がある場合、これらをしてもまだなお、ファイルを読み込んだ際、Object モードで "[P]" キーや、TextWindow 上で[Alt]+[P]を押してしまうと、悪意のあるコードが実行されてしまう可能性があります。TextWindow の Text リストボックスを押し、怪しいスクリプトがないかチェックしてみて下さい。

そして、重ねて言いますが、出所のわからない、怪しい .blend ファイルを使用しないことです。まあ、当サイトでお伝えしているものは大抵他の人や当方も試していますし、そもそも .exe なんかも紹介されているわけで…その辺疑いだしたらキリはないのですが。少なくともダウンロードしたファイルをいきなりダブルクリックは避けたほうがいいと思います。