Apply Mirror を適用しようとしているオブジェクトを、リンク複製（同じオブジェクトデータを他のものと共有）していませんか？

Apply Mirror を適用しようとしているオブジェクトを選択し、「F9」の「Editing Window」の、「Link and Materials」のところを観て、「▼|ME:オブジェクト名」の横に数字が表示されていれば、その数だけ同じオブジェクトデータを利用しているものがあるということです。

リンクを解除したければ、数字の部分をクリックし、「OK?」「Single User」と出るところで「Single User」を選択すると、リンクが解除されるので、再トライしてみましょう。