とりあえずなんとか解決されたようでよかったです。

実は当方にも2.42にて、あるLocalView(テンキー[/])で、Add->Mesh すると何も表示されなくて(Centerも)、一旦 EditMode を出ると二度と入れなくなる Object が作成されてしまうファイルができてしまいました。

一旦 GlobalView にして再度 LocalView に入ると普通に Add できるのですが、前述で作成した Mesh はいぜん消えたまんま…Outliner で表示すると Object 自体は存在しているという妙なことになっています。

もしかしたら、tarumiさんも同様にこの幽霊 Object を何かの拍子で作成してしまい、Border 選択時に一緒に選択されていた…のかもしれません。実際当方も同様の現象になりました。（ただし、EditButtons は表示されていますし、モードのリストボックスを押すと通常どおり EditMode なども表示されています。選択はできませんが）

すでに BugTracker にバグとして報告されているかもしれませんのでこちらは引き続き調査をしてみたいと思います。
いずれにせよ、ご報告ありがとうございました。