はじめまして。Python スクリプトがお分かりであることを前提に指針のようなものを少しだけですが…。

Blender の引数は sys.argv で取ります。下記で試してみてください。
あとは obj_importer を、FileSelector や GUI をスキップするように改造して直接ファイル名(パス＋ファイル名かも)を処理するようにすればいいと思います。後は当方は時間がないのでアレですが。(＜逃げた)

ただ、もし、単に複数のファイル変換がしたいのでしたら、そこまでしなくても、あるディレクトリに変換したいファイルを集め、Obj Importer でその中の一ファイルを選択し、GUIで "All *.objs in dir" と "Create Scene" をONにしてOKを押せば、すべてのファイルを読み込むことができます。
ただし、blendファイルが大きくなるのと、多くのメモリが要求されるでしょう。