RUEさん はじめまして、まんだです。
確かに「背景色が残ってしまう」という問題はありますね。

おそらく用意した背景画像とblenderでレンダリングした画像とを合成させるという目的で使われると思いますので、その前提でお話させていただきます。

私の場合以下のようにしています。

1.あらかじめ最終出力の縦横2倍の背景用画像を用意する
2.同じく縦横2倍のblenderレンダリング画像を、OSAなしでTGA、アルファ付きで出力する
3.それら2つの画像を合成する(私はGIMPを使っています)
4.合成した画像を最終出力の大きさに縮小して出力する

この問題点は「幾つもファイルが出来てしまうこと」、「再現性の部分で疑問点が残ること」等が挙げられます。

他に「blenderのplaneにテクスチャとして背景画像を貼っちゃう」という荒業もありますね。

BlenderのSequence Editorで出来ないかなと試行錯誤してみましたけど、こちらも縁が出る場合があります。でも、私の力でこれ以上は…(すみません、この部分、「便乗質問」になっちゃいました )。

:download:sample0304-1.zip