基本的に IK Solver などの Constraint を使用すると、ターゲットの位置関係によっては必ずずれが生じます。この場合、ターゲットの初期位置をずれない場所に移動したり、Roll をクリア([Ctrl]＋[N])などするしかありません。

一応、[Ctrl]＋[A]で、現在の PoseMode の状態を Rest 状態（EditMode の状態）にすることもできます。ただし、変形する Mesh との位置によってはどえらいことになるので注意が必要です。

個人的には、Blender は EditMode の状態(Rest 状態)を元に変形しますので、多少のずれは気にしていません。要はポーズをつけているときにちゃんと変形してくれれば OK なのです。