> この二つのパッケージはpythonのパージョンが違うってことでしょうか？
そうです。利用する Python パッケージのバージョンが違います。
このバージョン間でのPythonスクリプトでの互換性に問題が生じる可能性はあるかもしれません。それ以外の内容は多分同じです。

> あと、上記のコンピュータでMac OS X PPC Python 2.4, 10.3+が起動できないのってなにかおかしいのでしょうか？
実は当方はOSXユーザではないのでよくわからないのですが、予めPython2.4フルパッケージのインストールが必要なのかもしれません。
過去に別の問題が、上記のインストールだけで解決したといお話もありました。
http://blender.jp/modules/newbb/viewtopic.php?viewmode=flat&topic_id=466&forum=3