>blenderで開こうとすると、"file is not blender file."と表示されます。
あれ、AVIで出力したのであれば、再度Blenderで開く必要はないユースかと思うのですが（※私見ですが、合成用途であればTarga連番などを使う事が多いと思いますし）……
どのような処理を想定されてるのでしょうか。

・Jpeg連番でのレンダリング出力中に「blender.exeにエラーが(略」というエラーが出る
・出力された.aviファイルが(AVIRaw/AVI-jepg共に)再生出来ない
という事でしょうか。
（確かにこちらのMac PPC 10.4でもTomさんがアップロードされたaviファイルは再生できませんでした）

思い当たるご確認事項など。
・Blenderのバージョンは2.41正式版でしょうか。
・その.blendファイルは、静止画では正常にレンダリングおよび保存ができていますか？
・差し支えなければ.blendファイルをアップロード頂けると、質問への回答者の皆さんで検証しやすいと思います。
・Jpeg連番出力時は、必ず29枚目で止まりますか？
　たまたまシステムが不安定で落ちてしまったケースであれば、連番出力時の特徴として、レンダリングの開始フレームを設定すれば失敗した所からやり直せます。
　もし未試行であればお試しください。

要領を得ない内容で申し訳ありません。
ご参考になれば幸いです。