どうも説明が足りなかったのか意図が伝わらなかったようなので、改めて書きます。
Editモードで作業時にExtrude実行前と実行後に構成要素の数が変化しているか確認する。
作業完了後Objectモードに戻った後、再度Editモードに入り構成要素の数が変化しているか確認する。
Objectモードに戻る前の要素の数と再度Editモードに入った時の要素の数が同じならば質問にあるような要素の減少は起きていません。

現象が発生するファイルを添付されるのが一番分かり易いですが、ライセンス関係で問題が発生しないような物
又は現象が再現するサンプルファイルがあれば添付して下さい。
また、以下のことも確認して下さい。

質問の現象はそのファイルでのみ発生していますか?　それとも新規ファイルで同様の作業をしても発生しますか?
その編集されているObjectがArmature Modifierの影響下にあるのかは画像からは分かりませんが
もしArmature Modifierの影響下にあるのであればMuraさんの指摘されているアニメーション途中のフレームで確認されているからではないでしょうか。
EditモードではObjectの形状のままで表示されますがObjectモードではアニメーションの影響後の形状になります。

:download:test.blend
上記のファイルを開いてください。
アニメーションが３０フレーム目になっていると思います。
表示されているObjectをEditモードにするとCube形状になります。
１フレーム目にアニメーションキーを移動するとObjectモードでもCubeになっています。
そのままEditモードに入るとCube形状のままのはずです。
これはWeight設定がされていない場合の例です。

以下は個人的な感想です。
添付されている画像ではあなたが質問されている現象が発生している対象が特定しにくいです。
選択されている部分が現象部位ではないですよね?
質問する際には意図説明する努力が必要だと個人的に思います。
(キャプチャーした画像にこの部分がこうなったと書き込むとか)
黒塗りのVolumeの形状変化だけでは現状説明に乏しいと思いませんか?